Pochodzenie Pustyni Błędowskiej nie jest do końca wyjaśnione. Według jednej z hipotez ta największa w Europie połać piasku jest pochodzenia lodowcowego.
Z kolei inna hipoteza zrzuca odpowiedzialność za powstanie pustyni na ludzi, którzy od XIII wieku wycinali okoliczne lasy na potrzeby olkuskich hut srebra i ołowiu.
Natomiast według ludowego podania sprawcą powstania pustyni jest diabeł, który przelatując z workiem piachu rozpruł go o czubek kościelnej wieży. Na Pustyni Błędowskiej można, tak jak na prawdziwej pustyni, zaobserwować fatamorganę.
W dniu 18 marca 1924 profesor Kazimierz Piech wraz z wycieczką obserwował falujące jezioro, w którym odbijały się piaski i rosnące drzewa. Przed drugą wojną światową pustynię upodobało sobie polskie wojsko robiąc z niej poligon.
W czasie wojny ćwiczyło tu wojsko niemieckie, pozostawiając do dziś ruiny bunkrów. Po wojnie znów pustynia stała się poligonem dla polskich żołnierzy i w ograniczonym zakresie jest nim do dziś. Obecnie Pustynia Błedowska walczy o swoje istnienie.
Rzeka Biała Przemsza i jej zarastające brzegi dzielą na pół pustynię, na piaszczyste wydmy wkracza las.
